子宫内膜异位症早期无特殊症状，这也是这种疾病不容易诊断的原因。90%的患病妇女有痛经，10%的病人有性交疼痛或不适，如果子宫内膜异位症侵入了直肠，阴道或骶骨部位，在经前或经期中，会发生便秘或排便时疼痛。严重疼痛的情形往往和盆腔炎很相似。有一半的患者，性交时疼痛，特别是那些因疾病引起的粘连，固定了子宫的位置，因此在行房事时会产生疼痛。